امام خمینی(رحمت الله علیه) همانگونه که به یاد مردم داخل افغانستان بوده و همیشه در حمایت از حرکت رهایی بخش اسلامی و ملی افغان ها، کوشش بی دریغ نموده اند از فکر مهاجرین افغانستانی مقیم ایران که پس از اشغال کشورشان توسط شوروی، به ایران پناه آوردند نیز بیرون نبوده، به مردم ایران توصیه به بر خورد گرم با مهاجرین افغانستانی و پذیرایی جدی از آنها می کنند و هم به مسئولان مملکتی دستور رسیدگی و کمک به این دسته را می فرمایند.

چنانچه ایشان در بیانات خود خطاب به اعضای بسیج و سپاه می گویند: آواره هایی که از افغانستان الآن در ایران هستند و مشکلات زیادی دارند... البته ملت خیلی کمک می کند در همه این امور، لکن اینطور نیست که کمک ملت کافی باشد... دولت است که متکفل این امور است و مسول این امور است.

و در جایی دیگر طی فرمایشاتی خطاب به نمایندگان اصناف و بازاریان تهران می فرمایند: ... و همینطور مهمان هایی که داریم، خوب افغانی هستند، مسلمان هستند یا فرض کنید که عراقی هستند یا بیچاره ها را از خانه های شان دور کردند، مال شان را بردند، خودشان را فرستادند اینجا، خوب باید چه کرد با این ها؟ نباید این ها را پذیرایی کرد؟ ما مسلمانیم، آنها هم مسلمانند، ما باید از آن ها پذیرایی کنیم، خدمت کنیم به آنها و این دولت است که دارد این کارها را می کند.

به طور قطع می توان گفت که افکار و اندیشه خدایی امام خمینی(رحمت الله علیه) نسبت به مردم ، مجاهدین داخل و مهاجرین افغانستانی مقیم جمهوری اسلامی ایران و طرح آن ها در قالب دستورات و یا فرمایشات صریح و مکرر، خطاب به مسولین دولت ایران و مردم این کشور، علاوه بر اینکه خط و جهت عمومی و وظایف اساسی ایرانی ها را نسبت به مسایل افغانستان، هم در ابعاد سیاسی و انسان دوستانه و هم در قسمت دینی، روشن ساخته، در سطح منطقه و جهان اثرات شگرف و عمیقی را به جا گذاشت و با توجه به محبوبیت آن بزرگوار در میان ملت ها و اثر گزاری عمده ایشان بر مناسبات جهانی، موضوع افغانستان، مجاهدین این کشور و مردم جهاد پرور آن، در مرکز توجه جهانی قرار گرفت.

امام خمینی نه تنها در دوران اشغال افغانستان توسط شوروی سابق از مردم این سرزمین حمایت نموده که قبل از آغاز جهاد نیز در میان علما و بزرگان این کشور مورد احترام و توجه بوده که انشاالله در مطلب جداگانه به دیدگاه آن بزرگان خواهیم پرداخت.