سیمین حسن زاده، در روز نخست حادثه قتل فرخنده متهم شد که با انتشار پست فیس بوکی از این قتل حمایت کرده و به نحوی این گونه برخورد را موازی با آموزه‌های اسلامی خوانده است.

سرپرست وزارت اطلاعات و فرهنگ نیز می‌گوید که به همین دلیل مقام‌ها در ارگ ریاست جمهوری فیصله کردند که خانم حسن زاده از سمتش برکنار شود که حکمی در این رابطه نیز صادر شده است.

فرخنده در 28 حوت 1393 از سوی شماری از مردان خشمگین در برابر مسجد شاه دو شمشیره به قتل رسید و سپس جسدش به آتش کشیده شد.

این رویداد واکنش‌های تند مقام‌های حکومتی، فعالان حقوق بشر، جامعه مدنی و مردم را در داخل و خارج از کشور برانگیخت.

هیات حقیقت یابی که از سوی حکومت موظف شد پس از بررسی اعلام کرد که بانو فرخنده قرآن را نسوزانده و این یک توطئه از سوی تعویذ نویسان حاضر در مسجد شاه دو شمشیره بوده است. 

در پیوند به قتل بانو فرخنده پرونده 46 تن به شمول 19 پولیس به دادستانی کل سپرده شده است، اما شماری از افراد که در قتل فرخنده به گونه‌ای دست داشته تا کنون بازداشت نشده اند.

در همین حال سیمین حسن زاده در گفت‌وگو با شماری از رسانه‌ها موضوع برکناری از سمتش را رد کرده و گفته که در جریان این موضوع قرار ندارد.

بانو حسن‌زاده که متهم به حمایت فکری از قتل فرخنده است بارها در واکنش به این موضوع گفته که به هیچ عنوان از قتل فرخنده پشتیانی نکرده بلکه اقدامات احساساتی مردم را محکوم می‌کند.